Como hospital público universitário de alta complexidade - especializado em cardiologia, pneumologia e cirurgias cardíaca e torácica -, o Incor dedica-se à assistência, ao ensino, à pesquisa e à extensão universitária para a sociedade.

Sua missão, portanto, é promover ações de difusão do conhecimento científico, de técnicas e de tecnologias em sua especialidade para o desenvolvimento econômico-social do País e bem-estar de sua população.

Administrativamente, o Incor é ligado ao Hospital das Clínicas, uma autarquia do Governo do Estado de São Paulo, instância da qual recebe anualmente uma dotação orçamentária. Sendo assim, o Instituto do Coração é caracterizado como uma instituição pública prestadora de serviços de saúde.

Na área de ensino, pesquisa e extensão, o hospital está vinculado à Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, a FMUSP.

Desde 1978, o Instituto possui uma fundação de apoio sem fins lucrativos, a Fundação Zerbini.

A Fundação é responsável por captar, gerenciar e investir na estrutura do próprio Incor, os recursos advindos da prestação de serviços do Instituto na assistência, no ensino e na pesquisa em cardiopneumologia.

A estreita vinculação do Incor com a Fundação Zerbini é um dos principais fatores, do ponto de vista administrativo, de crescimento continuado do Instituto do Coração e por sua posição de destaque mundial.