A pesquisa no Incor é um dos vértices do ciclo virtuoso em que conhecimento de ponta agrega valor ao atendimento e, numa onda crescente, qualifica o ensino.

No Incor se desenvolvem novos equipamentos, medicamentos, diagnósticos, terapias e procedimentos cirúrgicos. Somando-se as pesquisas clínicas e as básicas aplicadas, a atuação do Instituto resultou, desde que foi inaugurado, em 10 de janeiro de 1977, em 5.720 estudos - 3.623 deles publicados em revistas nacionais e 2.097 em internacionais.

No universo dessas pesquisas, mais de 20 originaram patentes ou produtos, como próteses, tubos, máquinas e equipamentos diversos atualmente em uso na área médica.

A difusão da expertise científica do Incor alcançou platéias do mundo todo, por meio da participação de seus especialistas em 31.366 eventos científicos nacionais e internacionais, incluindo aulas e simpósios.

A pós-graduação do Instituto, vinculada à FMUSP, gerou mais de 400 trabalhos científicos de mestrado e de doutorado e de 50 concursos de livre-docência.

A Comissão Científica, órgão assessor e consultivo do Conselho Diretor do Incor,  é a área gestora da pesquisa no Instituto.

A política de pesquisa e de desenvolvimento do Incor é regida segundo critérios éticos e normativos rígidos, estabelecidos por agências reguladoras brasileiras e norteados por consensos das principais entidades científicas de repercussão internacional.